ตามที่มีรายงานข่าวในสื่อมวลชนว่า ทางกรมสอบสวนคดีพิเศษได้ไปแจ้งความดำเนินคดีกับพระมหาบุญชัย จารุทัตโต ผู้ดูแลการเงินของวัดพระธรรมกาย ในข้อหาขัดหมายเรียกนั้น วัดพระธรรมกายขอชี้แจงข้อเท็จจริง ดังนี้
กรณีที่ทางวัดพระธรรมกาย ได้ยื่นแจ้งขอเลื่อนนัดรับทราบข้อกล่าวหาของพระเทพญาณมหามุนี (หลวงพ่อธัมมชโย) ต่อ พนักงานสอบสวนคดีพิเศษ กรมสอบสวนคดีพิเศษ (ดีเอสไอ) และทางดีเอสไอมีความเห็นว่า “มีการเข้าร่วมพิธีกรรมทางศาสนาต่างๆ ได้เป็นปกติ” นั้น ขอชี้แจงดังนี้
วัดพระธรรมกาย ขอชี้แจงว่า ข้อความดังกล่าวไม่ใช่ข้อความของวัดพระธรรมกาย แต่เป็นข้อความของผู้ใช้ชื่อในเฟซบุ๊ก เรา รัก ธรรมกาย ซึ่งไม่ใช่พระภิกษุ สามเณร ลูกศิษย์วัด หรือกัลยาณมิตรของวัดพระธรรมกายแต่อย่างใด
ขอชี้แจงว่า ขณะนี้ ได้มีองค์กรพุทธศาสนาในรัฐมหาราษฎร์ประเทศอินเดีย จดทะเบียนองค์กรในชื่อ "Dhammakaya Foundation India" เพื่อสร้างความเข้าใจว่า องค์กรของตนเองนั้น เป็นสาขาของมูลนิธิธรรมกาย รวมทั้งอาจจะยังมีจุดประสงค์เพื่อแสวงหาประโยชน์จากพุทธศาสนิกไทยและประเทศอื่นๆอีกด้วย
เคยมีข่าวว่า วัดพระธรรมกายใช้ที่ดินมาก ใช้เงินในการดูแลวัดพัฒนาพระ เณร อุบาสก อุบาสิกามาก ก็เลยมีการทำธุรกิจการค้าเพื่อหาเงินใช้จ่ายในวัด กราบขอความกรุณาหลวงพ่อชี้แจงด้วย
คำชี้แจง : วัดพระธรรมกายปฏิเสธข่าวมีเจ้าหน้าที่วัดไปเกี่ยวข้องกับการลักลอบขโมยสารซูโดอีเฟดรีน
ชี้แจงกรณีมีผู้กล่าวอ้างว่า วัดพระธรรมกายจะทำการเปลี่ยนแปลงข้อความในพระไตรปิฎก เพื่อความเข้าใจที่ถูกต้องตรงตามความเป็นจริง
ฝ่ายประชาสัมพันธ์ วัดพระธรรมกาย ชี้แจงว่าไม่มีส่วนเกี่ยวของกับการชุมนุมของกลุ่มคนเสื้อแดง เมื่อ
เมื่อได้ชี้แจงที่มาที่ไปเป็นที่เรียบร้อยแล้ว อาจารย์เสนกะจึงออกคำสั่งให้เริ่มงานขุดลอกสระโบกขรณีแห่งนั้นในทันที “ท่านทั้งหลาย ขอพวกท่านจงพร้อมใจกันสนองงานแด่เจ้าเหนือหัวด้วยความอุตสาหะเถิด อย่าได้เห็นแก่ความเหนื่อยยากลำบากกันเลยนะ เอาละ!! เมื่อพร้อมกันแล้ว ก็เริ่มลงมือกันได้เลย”
ฝ่ายอาจารย์เสนกะ เมื่อได้ยินว่าท้าวสักกเทวราชได้เสด็จมาเพื่อประกาศปัญญานุภาพของ มโหสถก็ยิ่งขุ่นเคืองใจ ครุ่นคิดแต่เพียงว่า ทำอย่างไรจึงจะสามารถยับยั้งพระองค์ไว้ได้ จึงกราบทูลคัดค้านและชี้แจงเหตุผลในทันที และถือโอกาศทดลองกำัลังปัญญาของมโหสถ มโหสถจะถูกทดลองปัญญาด้วยอะไรนั้น